Modelado

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El modelado molecular consta de técnicas teóricas y herramientas computacionales para poder simular y predecir el comportamiento de una dada molécula en estudio. Se utiliza como paso previo a la experimentación, siendo que da una pauta de las condiciones óptimas de trabajo (ayuda a evitar el mal uso de los reactivos y entender las vías metabólicas del organismo).


La Idea Inicial

La idea inicial del Modelado fue tener un acercamiento a un simulador de organismos y sus interacciones, a la programación y otras herramientas útiles del mundo virtual. Idealmente, nos propusimos la optimización y regulación de las vías metabólicas involucradas en la síntesis de piocianina de Pseudomonas fluorescens.


¿Hasta donde llegamos?

Logramos visualizar la red metabólica de Pseudomonas fluorescens (Pf-05) utilizando el programa Cytoscape. También se realizó un acercamiento a COPASI usando iPython Notebook y a ciertos recursos básicos del campo de la programación en Python.

¿Qué nos quedó por hacer?

Debido a que la mayor parte de los integrantes éramos nuevos en el mundo del Modelado Molecular, tuvimos que focalizar la atención en el aprendizaje de los primeros pasos de dichos programas computacionales, sin poder optimizar las vías metabólicas correspondientes a nuestra cepa (Pseudomona fluorescens).